如何快速构建预测模型:Cox法(2)
上一篇为大家介绍了预测模型中基线表格的绘制方式,那么在预测模型构建过程中,通过Cox回归来筛选预测因子也是十分关键的。在影响因素研究中,大家较为熟知的筛选方式是先单后多,但是在预测模型文章中,更为常用的筛选方法是逐步回归法。
(资料图)
逐步回归,是通过逐步将自变量输入模型,如果模型具统计学意义,并将其纳入在回归模型中。同时移出不具有统计学意义的变量。最终得到一个自动拟合的回归模型。说到这里大家可能会有点理解了,逐步回归法的目的是构建一个拟合佳的模型,该变量在回归过程中是否具有统计学意义无关,这与先单后多有着本质的区别。
本文将继续以本文将以复现一篇seer公共数据库文章(Q1 IF=)为例,为大家介绍用R语言进行Cox回归筛选变量的方法,同时,介绍一种更加便捷快速完成统计分析的“神器”——风暴统计。
主要内容包括:
一、文献解读
二、利用R语言复现
三、利用在线网站复现
四、小结
一、文献解读
案例文献是沈阳医学院公共卫生学院学者基于SEER数据库的一项回顾性研究,旨在建立一个列线图来预测老年恶性骨肿瘤(MBT)患者的总生存期(OS)。
1. 摘要
背景:恶性骨肿瘤(MBT)是老年患者死亡的原因之一。我们研究的目的是建立一个列线图来预测老年MBT患者的总生存期(OS)。
方法:从SEER数据库下载了2004年至2018年所有老年MBT患者的临床病理数据。他们被随机分配到训练集(70%)和验证集(30%)。采用单因素和多因素Cox回归分析确定老年MBT患者的独立危险因素。基于这些危险因素构建列线图,以预测老年MBT患者的1年,3年和5年OS。然后,利用一致性指数(C指数)、校准曲线和受试者工作曲线下面积(AUC)来评价预测模型的准确性和判别力。决策曲线分析(DCA)用于评估列线图的临床潜在应用价值。根据列线图上的分数,将患者分为高风险组和低风险组。Kaplan-Meier(K-M)曲线用于测试两名患者之间的生存差异。
结果:从SEER数据库下载了2004年至2018年所有老年MBT患者的临床病理数据。他们被随机分配到训练集(70%)和验证集(30%)。采用单因素和多因素Cox回归分析确定老年MBT患者的独立危险因素。基于这些危险因素构建列线图,以预测老年MBT患者的1年,3年和5年OS。然后,利用一致性指数(C指数)、校准曲线和受试者工作曲线下面积(AUC)来评价预测模型的准确性和判别力。决策曲线分析(DCA)用于评估列线图的临床潜在应用价值。根据列线图上的分数,将患者分为高风险组和低风险组。Kaplan-Meier(K-M)曲线用于测试两名患者之间的生存差异。
结论:我们建立了一个新的列线图来预测老年MBT患者的1年,3年,5年的OS。该预测模型可以帮助医生和患者制定治疗计划和后续策略。
2. 数据介绍
文献共纳入1641名2004-2018诊断的老年MBT患者的临床病理数据。暴露因素包括年龄、种族、性别、诊断年份、组织学类型、分级、分期、原发位置、TNM分期、肿瘤大小、是否化疗、是否放疗及手术方式。
3.研究结果
筛选预测因子只用到训练集数据,通过单因素Cox回归与多因素Cox回归筛选预测变量。这里作者并未使用先单后多或者是逐步回归法筛选预测变量,可能从临床实际考虑的更多。但在实操过程中推荐大家优先考虑逐步回归法进行筛选,这样更有利于构建一个拟合效果好的预测模型。
二、利用R语言复现
下面我们利用从SEERStat中提取的相关数据进行复现。根据文献中的纳入排除标准,提取涉及的相关数据,最终共纳入1,574名患者(原文献1,641)。介于SEERStat数据库会有更新,因此提取的样本量与原文会有所出入,这里请大家多关注统计方法的运用!本次用到的是R版本是。
开始回归分析前需要做好前期工作:①导入数据集;②按照7:3的比例将数据集拆分为训练集train和验证集test;③完成均衡性分析。接着再开展今天的回归分析。
如何快速构建预测模型:Cox法(1)
1.安装加载R包并导入数据
这里绘制均衡性表格,主要用到"autoReg"R包,请注意模型变量的筛选是根据训练集进行的,在进行数据拆分后,需要用训练集来进行Cox回归。
2.Cox回归分析
autoReg包是一款功能强大的R包,可以一步到位实现批量单因素,多因素以及逐步回归法。可以通过调整“threshold= ”来改变限制P值的限制。
代码解读:autoReg函数可以自动根据设定的阈值控制变量进入多因素回归模型,如果不限制阈值,全部变量进入多因素回归,可将阈值设置为1,如threshold=1;加上“final= TRUE”表示增加逐步向后回归的结果。
三、利用在线网站复现
如果没有代码基础,或者希望通过更便捷的方式完成统计分析,推荐使用这个智能在线统计分析平台——风暴统计。一键成三线表,便捷又快速。
它的网址是(在电脑端浏览器打开)
浏览器输入即可(medical statistics缩写)
1.进入网站分析模块
电脑端打开风暴统计平台——“风暴智能统计”模块,点击“临床预测模型(最新)”,进入“cox预测模型”页面。
2.完成前期的准备工作
导入数据并根据需要做好整理转换,将数据集拆分为训练集与验证集,做好均衡性分析后,点击进入“Cox构建预测模型”。
回归筛选预测变量
点击进入“Cox预测模型”模块,将回归因变量与回归自变量分别选入,此外时间节点的设置与研究数据相对应。
这里要特别注意回归方法的选择,如果仅使用先单后多进行筛选,则逐步回归法选择否,如果选择开展逐步回归法,可以通过多因素回归P值进行阈值的设定,下方的多因素回归结果即逐步回归结果,可以分别查看单因素、多因素(逐步)或先单后多的结果,同样支持导出excel或word三线表结果。
Word版结果如下,为了更加清晰的展示HR值与95%置信区间,下表隐去了β值与SE值,实际上网站给出的统计结果更加全面:
四、小结
通过对比R语言结果与风暴统计结果可以发现,两者的结果完全一致,并且风暴统计给出的统计量更加的全面丰富,且将P值与HR值分为两列,更加美观,如果您在实际中需要用到Cox回归筛选变量,不妨来风暴统计平台试一试!
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